পিলখানায় সংঘটিত বর্বর হত্যাকাণ্ড তদন্তের জন্য অন্তর্বর্তী সরকারের গঠিত জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশন প্রায় ১১ মাস তদন্ত শেষে গত রোববার প্রধান উপদেষ্টা অধ্যাপক ড. মুহাম্মদ ইউনূসের কাছে প্রতিবেদন হস্তান্তর করে। এই কমিশনের প্রধান হলেন মেজর জেনারেল (অব.) আ ল ম ফজলুর রহমান। ২০০৯ সালের ফেব্রুয়ারিতে ওই ঘটনায় ৫৭ সেনা কর্মকর্তাসহ ৭৪ জন নিহত হন।
তদন্ত কমিশনের ৩৬০ পৃষ্ঠার মূল প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, ব্যারিস্টার তাপসের বাসায় আওয়ামী লীগ নেতা শেখ ফজলুল করিম সেলিমের উপস্থিতিতে বিডিআর সদস্যদের একাধিক বৈঠক হয়। একটি বৈঠকে অফিসারদের জিম্মি করার পরিকল্পনার কথা জানানো হয়, পরে তা পরিবর্তন করে হত্যার সিদ্ধান্ত নেওয়া হয়।
কমিশনের প্রতিবেদন অনুযায়ী, তৎকালীন স্বরাষ্ট্র প্রতিমন্ত্রী সোহেল তাজ ও প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার ফুফাতো ভাই শেখ সেলিমের উপস্থিতিতে ভারতের গোয়েন্দা সংস্থার ২৪ জনের একটি দল বৈঠকে অংশ নেয়। সেখানে সেনা কর্মকর্তাদের হত্যা করার সিদ্ধান্ত নেওয়া হয় এবং তাপসকে হত্যাকাণ্ডে সংশ্লিষ্টদের নিরাপদে পালিয়ে যেতে সহায়তার দায়িত্ব দেওয়া হয়।
পরিকল্পনা বাস্তবায়নে একাধিক বৈঠকে উপস্থিত ছিলেন আওয়ামী লীগের নেতা জাহাঙ্গীর কবির নানক, মির্জা আজম, লেদার লিটন ও তোরাব আলী। এসব পরিকল্পনা সম্পর্কে ৪৪ রাইফেলস ব্যাটালিয়নের সিও কর্নেল শামস অবগত ছিলেন এবং তাপস তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার কাছ থেকে সিদ্ধান্তের অনুমোদন নেওয়ার দায়িত্বে ছিলেন।
সাধারণ বিডিআর সদস্যদের ডাল-ভাত কর্মসূচি নিয়ে ক্ষোভকে উসকে দিয়ে বিডিআর বিদ্রোহ সৃষ্টি করার মাধ্যমে মূল পরিকল্পনা দেশপ্রেমিক সেনা অফিসারদের হত্যার মিশন বাস্তবায়ন করা হয়। এই পরিকল্পনা বাস্তবায়নে বিডিআরের কিছু সদস্যের সঙ্গে শেখ তাপস, শেখ সেলিমসহ আওয়ামী লীগ নেতাদের সঙ্গে দফায় দফায় বৈঠক করেন। বাসা, অফিস, মসজিদেও এ রকম কিছু বৈঠক হয় বলে সাক্ষ্যপ্রমাণে বেরিয়ে এসেছে। বাস্তবায়ন ও হত্যাকাণ্ডের উদ্দেশ্যে বিডিআর সদস্যদের মধ্যে বিপুল অর্থ বিতরণ করা হয়েছিল।
তদন্তে উঠে আসে, সংসদ সদস্য গোলাম রেজা ২০০৯ সালের ২৫ ফেব্রুয়ারি সকালে পিলখানা এলাকায় আলাউদ্দিন নাসিম, সাবেক এমপি মোর্শেদ, শেখ সেলিম ও ভারতীয় গোয়েন্দা সংস্থার কয়েকজন কর্মকর্তাকে দেখেছেন।