পিলখানায় বিডিআর সদর দপ্তরে সেনা হত্যাযজ্ঞের তদন্ত কমিশনের রিপোর্টে ঘুরেফিরে ক্ষমতাচ্যুত প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার ভাতিজা ব্যারিস্টার শেখ ফজলে নূর তাপসের নামই বেশি এসেছে। উচ্চক্ষমতাসম্পন্ন এই স্বাধীন তদন্ত কমিশন তাপসের সংশ্লিষ্টতার আদ্যোপান্ত খুঁজে বের করেছে। এই হত্যাযজ্ঞে হাসিনার সংশ্লিষ্টতার বিষয়টিও উঠে এসেছে। হত্যাকাণ্ডের সময় হাসিনাকে উদ্ধারে বিমানঘাঁটি ও কমান্ডো প্লাটুন প্রস্তুত রেখেছিল ভারত।
২০০৯ সালের ২৫ ও ২৬ ফেব্রুয়ারি সীমান্তরক্ষী বাহিনী বিডিআরের (বর্তমানে বর্ডার গার্ড বাংলাদেশ—বিজিবি) সদর দপ্তরে নৃশংস এ হত্যাকাণ্ডের ঘটনা ১১ মাস ধরে তদন্ত করে প্রতিবেদন সরকারের কাছে জমা দিয়েছে জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশন।
প্রতিবেদনে উল্লেখ করা হয়েছে, ১৬ মার্চ ২০০৯-এ India Today-তে প্রকাশিত ‘More than a Mutiny’ নামক এক প্রবন্ধে সৌরভ শুকলা লেখেন, ২৮ ফেব্রুয়ারি ২০০৯-এ ভারত শেখ হাসিনাকে উদ্ধার করার জন্য প্রস্তুতি শুরু করে। ত্রিপুরায় একটি সম্মুখবর্তী বিমানবাহিনী ঘাঁটিতে দুটি এবং কলকাতায় একটি কমান্ডো প্লাটুন, সে জন্য প্রস্তুত রাখা হয়। (সূত্র : সংযোজনী : ৫৭)
কমিশনের প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, পিলখানা হত্যাকাণ্ডের আগে ভারতীয় পক্ষের সঙ্গে বৈঠকের পর পুরো পরিকল্পনা চূড়ান্ত করা হয় এবং সমন্বয়ের জন্য তাপসের অফিস ও বাসায় একাধিক বৈঠক হয়। তাপসের অফিসে এ রকম এক বৈঠকে বসেই ভারতীয় গোয়েন্দাদের নিয়ে পিলখানা হত্যাযজ্ঞের পরিকল্পনা চূড়ান্ত করা হয়। ভারতীয় কমান্ডো ও বিভিন্ন গোয়েন্দা সংস্থার ২৪ জন পিলখানা হত্যাকাণ্ডে সরাসরি যুক্ত ছিলেন বলে সাক্ষ্যপ্রমাণের ভিত্তিতে তদন্ত কমিশন তাদের রিপোর্টে উল্লেখ করেছে।
ভারতে পলাতক শেখ হাসিনা ব্যারিস্টার তাপসের ফুপু। শেখ পরিবারের আরেকজন প্রভাবশালী সদস্য বর্তমানে পলাতক শেখ সেলিমও এই পরিকল্পনায় যুক্ত ছিলেন বলে তদন্ত কমিশন সাক্ষ্যপ্রমাণে নিশ্চিত হয়েছে। তৎকালীন স্বরাষ্ট্র প্রতিমন্ত্রী সোহেল তাজও এই পরিকল্পনার কথা জানতেন।
২০০৮ সালের ডিসেম্বরে ভারতের সহায়তায় ওয়ান-ইলেভেনের সরকারের পাতানো নির্বাচনে হাসিনা ক্ষমতায় বসেন। এরপর পরিকল্পিত উপায়ে মাত্র দুই মাসের মধ্যে দেশপ্রেমিক সেনা অফিসারদের পর্যায়ক্রমে বিডিআরে পদায়ন করা হয়। এর আগে রৌমারী, বড়াইবাড়ী ও পদুয়া সীমান্তে বিডিআরের হাতে ভারতীয় বিএসএফ সদস্যদের হত্যার প্রতিশোধ, সেনা মনোবল ভেঙে দিয়ে বাংলাদেশের ওপর আধিপত্য বিস্তারের বাসনা নিয়ে সুপরিকল্পিত এই হত্যাকাণ্ড চালানো হয় বলে কমিশন মনে করে।
২৮ ফেব্রুয়ারি ২০০৯-এ ভারত শেখ হাসিনাকে উদ্ধার করার জন্য প্রস্তুতি শুরু করে। ত্রিপুরায় একটি সম্মুখবর্তী বিমানবাহিনী ঘাঁটিতে দুটি এবং কলকাতায় একটি কমান্ডো প্লাটুন, সে জন্য প্রস্তুত রাখা হয়।