২০০৯ সালের ২৫ ও ২৬ ফেব্রুয়ারি সীমান্তরক্ষী বাহিনী বিডিআরের (বর্তমানে বর্ডার গার্ড বাংলাদেশ—বিজিবি) সদর দপ্তরে নৃশংস এ হত্যাকাণ্ডের ঘটনা ১১ মাস ধরে তদন্ত করে প্রতিবেদন সরকারের কাছে জমা দিয়েছে জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশন।
তদন্ত কমিশনের রিপোর্টে ঘুরেফিরে ক্ষমতাচ্যুত প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার ভাতিজা ব্যারিস্টার শেখ ফজলে নূর তাপসের নামই বেশি এসেছে। উচ্চক্ষমতাসম্পন্ন এই স্বাধীন তদন্ত কমিশন তাপসের সংশ্লিষ্টতার আদ্যোপান্ত খুঁজে বের করেছে। তদন্তের আগে গণমাধ্যমের রিপোর্টেও তাপস ছিলেন আলোচিত।
কমিশনের প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, পিলখানা হত্যাকাণ্ডের আগে ভারতীয় পক্ষের সঙ্গে বৈঠকের পর পুরো পরিকল্পনা চূড়ান্ত করা হয় এবং সমন্বয়ের জন্য তাপসের অফিস ও বাসায় একাধিক বৈঠক হয়। তাপসের অফিসে এ রকম এক বৈঠকে বসেই ভারতীয় গোয়েন্দাদের নিয়ে পিলখানা হত্যাযজ্ঞের পরিকল্পনা চূড়ান্ত করা হয়। ভারতীয় কমান্ডো ও বিভিন্ন গোয়েন্দা সংস্থার ২৪ জন পিলখানা হত্যাকাণ্ডে সরাসরি যুক্ত ছিলেন বলে সাক্ষ্যপ্রমাণের ভিত্তিতে তদন্ত কমিশন তাদের রিপোর্টে উল্লেখ করেছে।
ভারতে পলাতক শেখ হাসিনা ব্যারিস্টার তাপসের ফুপু। শেখ পরিবারের আরেকজন প্রভাবশালী সদস্য বর্তমানে পলাতক শেখ সেলিমও এই পরিকল্পনায় যুক্ত ছিলেন বলে তদন্ত কমিশন সাক্ষ্যপ্রমাণে নিশ্চিত হয়েছে। তৎকালীন স্বরাষ্ট্র প্রতিমন্ত্রী সোহেল তাজও এই পরিকল্পনার কথা জানতেন।
২০০৮ সালের ডিসেম্বরে ভারতের সহায়তায় ওয়ান-ইলেভেনের সরকারের পাতানো নির্বাচনে হাসিনা ক্ষমতায় বসেন। এরপর পরিকল্পিত উপায়ে মাত্র দুই মাসের মধ্যে দেশপ্রেমিক সেনা অফিসারদের পর্যায়ক্রমে বিডিআরে পদায়ন করা হয়। এর আগে রৌমারী, বড়াইবাড়ী ও পদুয়া সীমান্তে বিডিআরের হাতে ভারতীয় বিএসএফ সদস্যদের হত্যার প্রতিশোধ, সেনা মনোবল ভেঙে দিয়ে বাংলাদেশের ওপর আধিপত্য বিস্তারের বাসনা নিয়ে সুপরিকল্পিত এই হত্যাকাণ্ড চালানো হয় বলে কমিশন মনে করে।
কমিশনের প্রতিবেদনে বলা হয়, পদুয়া ও রৌমারীর যুদ্ধ বিডিআরের ইতিহাসে শৌর্য, বীর্য ও বীরত্ব প্রদর্শনের অবিস্মরণীয় একটি ঘটনা। ওই খণ্ডযুদ্ধে বিএসএফের যে শোচনীয় ও লজ্জাজনক পরাজয় ঘটে, ভারত কখনোই তা মেনে নিতে পারেনি।
পিলখানায় সংঘটিত বর্বর হত্যাকাণ্ড তদন্তের জন্য অন্তর্বর্তী সরকারের গঠিত জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশন প্রায় ১১ মাস তদন্ত শেষে গত রোববার প্রধান উপদেষ্টা অধ্যাপক ড. মুহাম্মদ ইউনূসের কাছে প্রতিবেদন হস্তান্তর করে। এই কমিশনের প্রধান হলেন মেজর জেনারেল (অব.) আ ল ম ফজলুর রহমান। ২০০৯ সালের ফেব্রুয়ারিতে ওই ঘটনায় ৫৭ সেনা কর্মকর্তাসহ ৭৪ জন নিহত হন।
তদন্ত কমিশনের ৩৬০ পৃষ্ঠার মূল প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, ব্যারিস্টার তাপসের বাসায় আওয়ামী লীগ নেতা শেখ ফজলুল করিম সেলিমের উপস্থিতিতে বিডিআর সদস্যদের একাধিক বৈঠক হয়। একটি বৈঠকে অফিসারদের জিম্মি করার পরিকল্পনার কথা জানানো হয়, পরে তা পরিবর্তন করে হত্যার সিদ্ধান্ত নেওয়া হয়।